中山大学达安基因股份有限公司是于2001年3月8日经广州市经济体制改革委员会批准(穗改股字[2001]3号文)，并经广州市人民政府和广东省人民政府确认，由中山医科大学、广州生物工程中心、汪友明、红塔创新投资股份有限公司、深圳市泓清源投资发展有限公司(后更名为深圳市东盛创业投资有限公司)、刘强、国信证券有限责任公司、深圳市同创伟业投资顾问有限公司(后更名为深圳市同创伟业创业投资有限公司)、何蕴韶、程钢、周新宇、吴军生作为发起人，将中山医科大学达安基因有限公司依法整体变更、发起设立的股份有限公司，设立时注册资本3,470万元。
2001年10月26日，根据国家教育部教发[2001]42号文《关于中山大学、中山医科大学合并组建新的中山大学的决定》，本公司原第一大股东中山医科大学与中山大学合并组建新的中山大学。合并后，新组建的中山大学成为本公司第一大股东。因此，公司于2001年12月13日更名为"中山大学达安基因股份有限公司"。
根据2002年7月20日公司2002年第一次临时股东大会决议，公司以2001年末累计未分配利润实施每10股送3.2277股红股的利润分配方案，共送红股1120万股，公司总股本变为4590万股，注册资本为4590万元，公司各股东持股比例未发生变化。公司于2002年9月5日办理了工商变更手续。根据《国务院办公厅转发中国证监会清理整顿证券经营机构方案的通知》、《关于进一步加强证券公司监管的若干意见》、《证券公司管理办法》、《关于对证券公司参与风险投资进行规范的通知》等文件法规的有关规定，证券公司不得兴办实业。因此，公司发起人之一国信证券根据上述规定，于2002年12月22日，将其所持有本公司5%的股权计2,295,000股按1:1比例分别转让给本公司其他5个发起人，其中同创伟业受让2.5%的股权计1,147,500股、何蕴韶受让1.3%的股权计596,700股、程钢受让0.6%的股权计275400股、周新宇受让0.3%的股权计137700股、吴军生受让0.3%的股权计137,700股。有关国信证券转让股权的申请已经广州市经济委员会穗经[2003]17号文批准,并办理了工商变更登记手续。上述转让款项经羊城所(2003)羊验字第190号《验资报告》证明全部支付完毕。发行人律师国信联合律师事务所认为，发行人发起设立过程中部分发起人不具备发起人资格的情形已得到了纠正,以上股份转让的款项各方已支付完毕，并已办理了工商变更手续,不存在潜在的纠纷。
根据2003年2月11日公司2002年度股东大会决议，公司以2002年末可供股东分配利润按10:3.4204793的比例分配红股，共分配红股1,570万股,公司总股本变为6,160万股，注册资本为6,160万元。公司于2003年2月19日办理了工商变更手续。此次发行人民币普通股2200万股完成后，公司总股本为8360万股，注册资本为8360万元。